依商業團體法第12條第1項規定：「同一區域內，依公司法或商業登記法取得登記證照之公營或民營商業之公司、行號，均應於開業後一個月內，加入該地區商業同業公會為會員；其兼營二業以上商業者，除其他法律另有規定外，至少應選擇一業加入該業商業同業公會為會員。」又依商業團體分業標準「西藥商業」之業務範圍為「經營西藥買賣。」

依衛生福利部110年10月19日衛授食字第1109904332號函表示，依藥事法第19條及第34條規定，藥局係指藥師或藥劑生親自主持，依法執行藥品調劑、供應業務之專業人員執業場所，與醫師、律師、會計師等專門職業人員執行業務處所性質相同，非一般商號皆得以「藥局」為名稱，且藥局兼營藥品零售業務係屬藥師執行業務範圍，非依商業登記法而來，自非屬營利事業。

有關以「藥局」名稱辦理商業登記1節，係因經濟部認藥局除執行藥品調劑及零售藥品業務外，多有販售「非藥品商品」，其型態已非單純專業人員執行業務之場所，有營利自應辦理商業登記，爰衛生福利部同意經濟部所提，符合藥事法第19條及第34條規定領得藥局執照者，得以「藥局」名稱辦理商業登記，亦得登記其他非藥事法第19條第2項所定業務之營業項目，且不得登記藥品輸入、輸出、批發及製造業。

另依經濟部110年10月15日經商字第11000713190號函表示，經營西藥買賣之「藥局」係符合藥事法規定領有執照者，兼營藥品零售業務係屬藥師執行業務範圍，不適用商業登記法規定。

藥局依藥事法領有執照，兼營藥品零售業務，非屬營利事業，應無商業團體法之適用；倘若藥局除執行藥品調劑及零售藥品業務外，有販售「非藥品商品」，其型態已非單純專業人員執行業務之場所，得以「藥局」名稱辦理商業登記，亦得登記其他非藥事法第19條第2項所定業務之營業項目，惟不得登記藥品輸入、輸出、批發及製造業。藥局取得藥局執照有營利並辦理商業登記者，應依商業團體法第12條規定加入當地「西藥商業」之商業同業公會。

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